Estudio de la base genética del carácter nectarina integrando análisis moleculares con genómica en una colección amplia de germoplasma de Prunus persica (L. Batsch.)

Abstract

Una de las características comerciales más utilizadas para clasificar el fruto del duraznero es la presencia o ausencia de tricomas en su piel, denominándolo durazno o nectarina respectivamente. El carácter durazno/nectarina fue descrito como monogénico (G/g) y se ha asociado la ausencia de tricomas a la inserción de un retrotransposon en el gen candidato PpeMYB25. Considerando que el fenotipo durazno es dominante, las nectarinas deberían ser mutantes homocigotas para la inserción. El objetivo de este trabajo fue estudiar a nivel molecular el carácter durazno/nectarina en la colección de germoplasma de la EEA San Pedro. Se analizaron 147 accesiones: 119 con fenotipo durazno y 28 nectarina. La caracterización molecular se realizó mediante un marcador codominante (IndelG) en PCR Multiplex con primers que permiten discriminar la presencia (amplicón de 197pb) o ausencia (amplicón de 941pb) de la inserción. Asimismo, se estudió la asociación del marcador diagnostico mediante GWAS, incluyendo un set de 6.687 marcadores (SNP, InDels y SSR) identificados por GBS. El análisis permitió determinar que todas las nectarinas presentaron solo el amplicón de 197pb, esperado para presencia de la inserción. En cuanto a las accesiones de fenotipo durazno, se identificaron 85 homocigotas para el alelo de referencia de durazno (941pb), 32 heterocigotas (941pb/197pb) y 2 casos homocigotas para el alelo de 197pb. En el estudio de asociación el marcador IndelG mostró el mayor valor de asociación (LOD = 20) seguido por dos SNP (con un LOD de 17 y 15 respectivamente). Se concluye que el marcador IndelG resulta una herramienta útil para la selección asistida por marcadores. Sin embargo, es necesario realizar estudios adicionales para probar/desestimar la implicancia de PpeMYB25 como gen funcional para futuros desarrollos biotecnológicos.