Identificación de un panel mínimo de marcadores moleculares a partir de datos NGS apto para el desarrollo de un servicio de identificación varietal de duraznero

Abstract

La fruticultura en la Argentina enfrenta el desafío de modernizarse siendo uno de los puntos claves la certificación de la identidad varietal mediante el uso de marcadores moleculares (MM). Previamente en un proyecto de secuenciación de genoma reducido analizamos 191 accesiones de la colección de germoplasma de duraznero de la EEA San Pedro. El análisis bioinformático de las 50Gb obtenidas permitió identificar un total de 113.411 SNP, 13.461 InDel y 2.133 SSR. Sobre un set reducido de marcadores genotipados en cada una de las 191 accesiones formado por 6.028 SNP, 600 InDel y 191 SRR se calculó el contenido de la información polimórfica (PIC) mediante el programa PowerMarker. El PIC varió entre 0.005 y 0.375 para SNP, 0,005-0.533 InDel y 0.005-0.634 para SSR. A partir de estos datos se analizó el panel mínimo de MM discriminante teniendo en cuenta los siguientes criterios: 1) Alto valor de PIC, 2) Excluir MM ligados y 3) Excluir SSR mono nucleótidos por dificultar la asignación de genotipos mediante análisis en geles de poliacrilamida. Se identificó un set de 10 SSR distribuidos en 6 cromosomas capaces de discriminar las 191 accesiones de la colección de germoplasma. Considerando las frecuencias alélicas observadas, se podrá asignar la identidad varietal de una muestra incógnita analizando el set de 10 MM con niveles de certezas superiores al 99,98%. Estos resultados y el plan de negocio asociado sugieren que es factible establecer un servicio competitivo para la identificación /certificación varietal de duraznero.