Análisis comparativo de diferentes métodos y puntos de corte para la determinación de expresión génica diferencial en bases de datos complejas obtenidas de transcriptomas de maíz

Abstract

Existe una amplia variedad de datos transcriptómicos públicamente disponibles en NCBI, provenientes de estudios donde se ha evaluado la respuesta del cultivo de maíz frente a Fusarium verticillioides, F. graminearum y Ustilago maydis. Dos de las herramientas más utilizadas para determinar los genes que se expresan diferencialmente son DESeq2 y edgeR. EdgeR permite la utilización de dos métodos con enfoques diferentes para ajustar y contrastar los datos: la prueba de razón de verosimilitud (LRT) y la prueba F de cuasi verosimilitud (QL-F test). Objetivo: Comparar diferentes herramientas, enfoques y puntos de corte utilizados para determinar expresión génica diferencial en un metaanálisis basado en datos provenientes de múltiples transcriptomas de maíz expuestos a diversos patógenos.