Optimización de un diseño experimental para el estudio de la interacción Citrus - Candidatus Liberibacter spp., causante de la enfermedad HuangLongBing mediante análisis de RNA-seq

Abstract

El método por excelencia actualmente utilizado para la detección de HLB es la PCR en tiempo real basado en la secuencia 16S rDNA. Sin embargo, la distribución irregular de las bacterias en las plantas, genera dificultades en el proceso de muestreo y posterior análisis. Los análisis transcriptómicos permiten la identificación de un gran número de genes que la planta expresa en respuesta a la infección. Los datos generados mediante la implementación de esta estrategia permiten identificar patrones de expresión diferencial génica en plantas cítricas infectadas durante etapas tempranas de la enfermedad. Se realizaron análisis que permitieron optimizar los tiempos de muestreo a 12, 16, 20 y 24 semanas a fin de poder detectar los cambios transcriptómicos en etapas tempranas.