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resumen
Resumen
Introduction: Coinfection with two SARS-CoV-2 viruses is still a very understudied phenomenon. Although next generation sequencing methods are very sensitive to detect heterogeneous viral populations in a sample, there is no standardized method for their characterization, so their clinical and epidemiological importance is unknown.
Material and methods: We developed VICOS (Viral COinfection Surveillance), a new bioinformatic algorithm for variant
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dc.contributor.author | Goya, Stephanie | |
dc.contributor.author | Sosa, Ezequiel Jorge | |
dc.contributor.author | Nabaes Jodar, Mercedes Soledad | |
dc.contributor.author | Torres, Carolina | |
dc.contributor.author | Konig, Guido Alberto | |
dc.contributor.author | Acuña, Dolores | |
dc.contributor.author | Ceballos, Santiago | |
dc.contributor.author | Distefano, Ana Julia | |
dc.contributor.author | Dopazo, Hernán | |
dc.contributor.author | Dus Santos, Maria Jose | |
dc.contributor.author | Fass, Monica Irinia | |
dc.contributor.author | Fernandez Do Porto, Darío Augusto | |
dc.contributor.author | Fernandez, Ailen | |
dc.contributor.author | Gallego, Fernando | |
dc.contributor.author | Gismondi, Maria Ines | |
dc.contributor.author | Gramundi, Ivan | |
dc.contributor.author | Lusso, Silvina | |
dc.contributor.author | Marti, Marcelo Adrián | |
dc.contributor.author | Mazzeo, Melina | |
dc.contributor.author | Mistchenko, Alicia Susana | |
dc.contributor.author | Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel | |
dc.contributor.author | Natale, Mónica | |
dc.contributor.author | Nardi, Cristina | |
dc.contributor.author | Ousset, Julia | |
dc.contributor.author | Peralta, Andrea Veronica | |
dc.contributor.author | Pintos, Carolina | |
dc.contributor.author | Puebla, Andrea Fabiana | |
dc.contributor.author | Pianciola, Luis | |
dc.contributor.author | Rivarola, Maximo Lisandro | |
dc.contributor.author | Turjanski, Adrián | |
dc.contributor.author | Valinotto, Laura | |
dc.contributor.author | Vera, Pablo Alfredo | |
dc.contributor.author | Zaiat, Jonathan | |
dc.contributor.author | Zubrycki, Jeremias Enrique | |
dc.contributor.author | Aulicino, Paula | |
dc.contributor.author | Viegas, Mariana | |
dc.date.accessioned | 2023-11-06T10:01:19Z | |
dc.date.available | 2023-11-06T10:01:19Z | |
dc.date.issued | 2023-02 | |
dc.identifier.issn | 1872-7492 | |
dc.identifier.other | https://doi.org/10.1016/j.virusres.2022.199035 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.12123/15828 | |
dc.identifier.uri | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168170222003641 | |
dc.description.abstract | Introduction: Coinfection with two SARS-CoV-2 viruses is still a very understudied phenomenon. Although next generation sequencing methods are very sensitive to detect heterogeneous viral populations in a sample, there is no standardized method for their characterization, so their clinical and epidemiological importance is unknown. Material and methods: We developed VICOS (Viral COinfection Surveillance), a new bioinformatic algorithm for variant calling, filtering and statistical analysis to identify samples suspected of being mixed SARS-CoV-2 populations from a large dataset in the framework of a community genomic surveillance. VICOS was used to detect SARS-CoV-2 coinfections in a dataset of 1,097 complete genomes collected between March 2020 and August 2021 in Argentina. Results: We detected 23 cases (2%) of SARS-CoV-2 coinfections. Detailed study of VICOS's results together with additional phylogenetic analysis revealed 3 cases of coinfections by two viruses of the same lineage, 2 cases by viruses of different genetic lineages, 13 were compatible with both coinfection and intra-host evolution, and 5 cases were likely a product of laboratory contamination. Discussion: Intra-sample viral diversity provides important information to understand the transmission dynamics of SARS-CoV-2. Advanced bioinformatics tools, such as VICOS, are a necessary resource to help unveil the hidden diversity of SARS-CoV-2. | es_AR |
dc.format | application/pdf | es_AR |
dc.language.iso | eng | es_AR |
dc.publisher | Elsevier | es_AR |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | es_AR |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ | es_AR |
dc.source | Virus Research 325 : 199035 (Febrero 2023) | es_AR |
dc.subject | Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 | eng |
dc.subject | Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2 | es_AR |
dc.subject | Bioinformatics | eng |
dc.subject | Bioinformática | es_AR |
dc.subject | Viruses | eng |
dc.subject | Virus | es_AR |
dc.subject.other | Coinfection | eng |
dc.subject.other | Coinfección | es_AR |
dc.subject.other | Intra-host Evolution | eng |
dc.subject.other | Evolución Intrahospedador | es_AR |
dc.title | Assessing the hidden diversity underlying consensus sequences of SARS-CoV-2 using VICOS, a novel bioinformatic pipeline for identification of mixed viral populations | es_AR |
dc.type | info:ar-repo/semantics/artículo | es_AR |
dc.type | info:eu-repo/semantics/article | es_AR |
dc.type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion | es_AR |
dc.rights.license | Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) | es_AR |
dc.description.origen | Instituto de Biotecnología | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Sosa, Ezequiel Jorge. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Sosa, Ezequiel Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Ceballos, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas (CADIC); Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Distefano, Ana Julia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Distefano, Ana Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Dopazo, Hernán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Dopazo, Hernán. Biocódices SA. Laboratorio de Genómica; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Dus Santos, Maria Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Fass, Monica Irina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Fass, Monica Irina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Fernandez Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Gallego, Fernando. Hospital Regional Ushuaia; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Gramundi, Ivan. Hospital Regional Ushuaia; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Lusso, Silvina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Marti, Marcelo Adrian. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Mazzeo, Melina. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Comisión Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Natale, Mónica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Ambiente y Recursos Naturales (ICPA); Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Ousset, Julia. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Peralta, Andrea Veronica. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Peralta, Andrea Veronica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Turjanski, Adrián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Turjanski, Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Vera, Pablo Alfredo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABIMO); Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Vera, Pablo Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Zaiat, Jonathan. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Zaiat, Jonathan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Zubrycki, Jeremias Enrique. Biocódices SA. Laboratorio de Genómica; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría Prof. Juan P. Garrahan. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina | es_AR |
dc.description.fil | Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina | es_AR |
dc.subtype | cientifico |
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