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Resumen
The COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage [ver mas...]
dc.contributor.authorTorres, Carolina
dc.contributor.authorNabaes Jodar, Mercedes
dc.contributor.authorAcuña, Dolores
dc.contributor.authorZambrana Montaño, Romina Micaela
dc.contributor.authorCulasso, Andrés Carlos Alberto
dc.contributor.authorAmadio, Ariel
dc.contributor.authorAulicino, Paula
dc.contributor.authorCeballos, Santiago
dc.contributor.authorCacciabue, Marco Polo Domingo
dc.contributor.authorDebat, Humberto Julio
dc.contributor.authorDus Santos, Maria Jose
dc.contributor.authorEberhardt, María Florencia
dc.contributor.authorEspul, Carlos
dc.contributor.authorFay, Fabián
dc.contributor.authorFernández, María Ailén
dc.contributor.authorFernandez, Franco Daniel
dc.contributor.authorFernandez Muñoz, Juan Manuel
dc.contributor.authorFerrini, Florencia
dc.contributor.authorGallego, Fernando
dc.contributor.authorGiri, Adriana Angélica
dc.contributor.authorCerri, Agustina
dc.contributor.authorBolatti, Elisa
dc.contributor.authorGismondi, Maria Ines
dc.contributor.authorGoya, Stephanie
dc.contributor.authorGramundi, Iván
dc.contributor.authorIrazoqui, Jose Matias
dc.contributor.authorKonig, Guido Alberto
dc.contributor.authorLeiva, Viviana
dc.contributor.authorLucero, Horacio
dc.contributor.authorMarquez, Nathalie
dc.contributor.authorNardi, Cristina
dc.contributor.authorOrtiz, Belén
dc.contributor.authorPianciola, Luis
dc.contributor.authorPintos, Carolina Beatriz
dc.contributor.authorPuebla, Andrea Fabiana
dc.contributor.authorRastellini, Carolina Victoria
dc.contributor.authorRojas, Alejandro Ezequiel
dc.contributor.authorSfalcin, Javier
dc.contributor.authorSuárez, Ariel
dc.contributor.authorTittarelli, Estefanía
dc.contributor.authorToro, Rosana
dc.contributor.authorVillanova, Gabriela Vanina
dc.contributor.authorZiehm, María Cecilia
dc.contributor.authorZimmermann, María Carla
dc.contributor.authorZunino, Sebastián
dc.contributor.authorProyecto PAIS Working Group
dc.contributor.authorValinotto, Laura
dc.contributor.authorViegas, Mariana
dc.date.accessioned2023-09-15T11:26:23Z
dc.date.available2023-09-15T11:26:23Z
dc.date.issued2023-01-22
dc.identifier.issn1999-4915 (online)
dc.identifier.otherhttps://doi.org/10.3390/v15020312
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.12123/15224
dc.identifier.urihttps://www.mdpi.com/1999-4915/15/2/312
dc.description.abstractThe COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering.eng
dc.formatapplication/pdfes_AR
dc.language.isoenges_AR
dc.publisherMDPIes_AR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesses_AR
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/es_AR
dc.sourceViruses 15 (2) : 312 (2023)es_AR
dc.subjectSevere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2eng
dc.subjectCoronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2es_AR
dc.subjectVariantseng
dc.subjectVarianteses_AR
dc.subjectEvolutioneng
dc.subjectEvoluciónes_AR
dc.subjectSouth Americaeng
dc.subjectAmérica del Sures_AR
dc.subjectDynamicseng
dc.subjectDinámicaes_AR
dc.subjectArgentinaes_AR
dc.subject.otherSARS-CoV-2es_AR
dc.subject.otherOmicrones_AR
dc.subject.otherBA.1es_AR
dc.subject.otherBA.2es_AR
dc.subject.otherBA.4es_AR
dc.subject.otherBA.5es_AR
dc.titleOmicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5es_AR
dc.typeinfo:ar-repo/semantics/artículoes_AR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/articlees_AR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersiones_AR
dc.rights.licenseCreative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)es_AR
dc.description.origenInstituto de Patología Vegetales_AR
dc.description.filFil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Aulicino, Paula.Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan”. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Eberhardt, María Florencia. nstituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Espul, Carlos. Laboratorio de Salud Pública; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernández, María Ailén. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernandez Muñoz, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina y Biología Experimental de Cuyo (IMBECU); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Gallego, Fernando. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Bolatti, Elisa. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Gismondi, Maria Ines. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Gramundi, Iván. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Lucero, Horacio. Instituto de Medicina Regional; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Suárez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Tittarelli, Estefanía. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata (UNLP). Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de salud pública; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Villanova, Gabriela Vanina Universidad Nacional de Rosario. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del río Paraná. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Ziehm, María Cecilia. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Zimmermann, María Carla. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Zunino, Sebastián. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Zunino, Sebastián. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.subtypecientifico


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