Diseño de tres pares de oligonucleótidos específicos para la detección del virus de la mancha anular de la papaya (PRSV)

Abstract

Por un lado, en México, el estado de Oaxaca ha ocupado en años consecutivos los primeros lugares a nivel nacional en la producción de papaya (Carica papaya L.). Por otro lado, las plantaciones son altamente susceptibles al ataque de tipo viral, uno de los más devastadores es la papaya ringspot virus (PRSV). Debido a lo anterior se diseñaron tres oligonucleótidos específicos que permiten la identificación del PRSV mediante la reacción en cadena de la polimerasa acoplada a una transcriptasa reversa (RT-PCR). Los oligonucleótidos fueron diseñados por el software Vector NTI Advance® V11.5 que amplificaron tres fragmentos de 857 pares de bases (pb), 583 pb y 213 pb de regiones conservadas del genoma viral. Para comprobar el desempeño de los oligonuceótidos se realizaron extracciones de ácido ribonucleico (ARN) de tejido foliar de papaya con signos del PRSV utilizando TRIzolTM y el Kit SuperScriptTM III One-Step RT-PCR System para la técnica de RT-PCR. Los resultados de la amplificación fueron analizados en un gel de agarosa donde los amplicones coincidieron con el tamaño esperado al diseño preliminar.

In Mexico, the state of Oaxaca has occupied the first places in the national level in the production of papaya (Carica papaya L.) in consecutive years. On the other hand, plantations are highly susceptible to viral attack, one of the most devastating is the papaya ringspot virus (PRSV). For that reason, three specific oligonucleotides were designed that allow the identification of the PRSV using the reverse transcriptase coupled polymerase chain reaction (RT-PCR). The oligonucleotides were designed by Vector NTI Advance® V11.5 software that amplified three fragments of 857 base pairs (bp), 583 bp and 213 bp from conserved regions of the viral genome. To check the performance of the oligonuceotides, ribonucleic acid (RNA) extractions of papaya leaf tissue with symptoms of PRSV were performed using TRIzolTM, then the SuperScriptTM III One-Step RT-PCR System Kit was used to perform the RT-PCR technique. The results of the amplification were analyzed on an agarose gel where the amplicons coincided with the size expected at their preliminary design.