Five-Year Molecular Surveillance Reveals Widespread Foodborne Enteric Viruses in Bivalve Mollusks From Golfo Nuevo, Argentina

Abstract

The present investigation conducted a 5-year longitudinal survey (August 2018–March 2023) of enteric viruses in bivalve mollusks (n = 390) collected from Golfo Nuevo, Puerto Madryn, Argentina. Samples were processed following ISO 15216-1:2017 guidelines. Norovirus genogroups I/II (NoV GI/GII), rotavirus A (RVA), hepatitis A (HAV) and E (HEV) viruses, and adenovirus (AdV) were detected and quantified by RT-qPCR/qPCR, genotyped, and subjected to phylogenetic analysis. At least one virus was detected in 40.7% of composite samples. AdV exhibited the highest prevalence (56.6%), while NoV GII and RVA were detected in 12.4% of samples; HEV and HAV were detected in 5.3% and 4.4%, respectively, and NoV GI was not detected. Mean viral loads ranged from 4.8 to 6.3 log10 genomic copies/g of bivalve mollusks. Temporal trends revealed a significant decline in detection post-pandemic for RVA, NoV GII, and HAV, while AdV and HEV rates remained stable. Genotyping identified pandemic variant NoV GII.4[P16], RVA G8P[1], HAV IA, and AdV A31. These results provide the first comprehensive baseline of enteric virus contamination in Patagonian shellfish. Routine virus monitoring and evidence-based control measures are therefore imperative to safeguard public health and to align Argentine bivalve mollusks with international safety standards.

La presente investigación realizó un estudio longitudinal de 5 años (agosto de 2018 a marzo de 2023) de virus entéricos en moluscos bivalvos (n = 390) recolectados en el Golfo Nuevo, Puerto Madryn, Argentina. Las muestras se procesaron siguiendo las directrices de la norma ISO 15216-1:2017. Se detectaron y cuantificaron mediante RT-qPCR/qPCR los genogrupos I/II de norovirus (NoV GI/GII), rotavirus A (RVA), virus de la hepatitis A (VHA) y E (VHE) y adenovirus (AdV), se genotipificaron y se sometieron a análisis filogenético. Se detectó al menos un virus en el 40,7% de las muestras compuestas. El AdV presentó la prevalencia más alta (56,6%), mientras que NoV GII y RVA se detectaron en el 12,4% de las muestras; el VHE y el VHA se detectaron en el 5,3% y el 4,4%, respectivamente, y no se detectó NoV GI. Las cargas virales medias oscilaron entre 4,8 y 6,3 log10 copias genómicas/g en moluscos bivalvos. Las tendencias temporales revelaron una disminución significativa en la detección pospandémica de RVA, NoV GII y VHA, mientras que las tasas de AdV y VHE se mantuvieron estables. La genotipificación identificó la variante pandémica NoV GII.4[P16], RVA G8P[1], VHA IA y AdV A31. Estos resultados proporcionan la primera línea de base completa de contaminación por virus entéricos en mariscos patagónicos. Por lo tanto, el monitoreo rutinario del virus y las medidas de control basadas en la evidencia son imperativos para salvaguardar la salud pública y alinear los moluscos bivalvos argentinos con las normas internacionales de seguridad.