Análisis comparativo de calidad de ADN de líquido ruminal obtenido por diferentes métodos de extracción = Comparative analysis of ruminal fluid DNA quality obtained by different extraction methods

Abstract

Los rumiantes poseen un sistema digestivo que les confiere la capacidad de aprovechar y convertir material fibroso en alimentos de alta calidad nutritiva, debido a comunidades microbianas existentes en el rumen. La identificación de dichos microorganismos se puede realizar mediante estudios de ADN. El objetivo del presente trabajo es comparar la eficacia de cinco métodos de extracción de ADN de líquido ruminal. Las muestras de fluido ruminal se obtuvieron de un novillo Braford fistulado. Se realizó la extracción de ADN por triplicado aplicando los siguientes métodos: precipitación salina con dodecilsulfato de sodio, precipitación con acetato de potasio, método fenol-cloroformo, con reactivo DNAzol y un kit comercial. Se evaluó el rendimiento, la integridad y la pureza del ADN mediante espectrofotometría y electroforesis en geles de agarosa. A su vez, se evaluó la integridad mediante la amplificación de fragmentos de ADN por la reacción en cadena de la polimerasa. El análisis espectrofotométrico y electroforético permitió determinar que todos los métodos generaron ADN íntegro, con excepción del acetato de potasio; las relaciones 260/280 y 260/230 obtenidas permitieron identificar contaminantes en todas las muestras. El ADN obtenido por los métodos DNAzol y kit comercial fue amplificable en el 100 % de las muestras. Los resultados obtenidos sugieren que el método DNAzol genera ADN con integridad y pureza similares al kit comercial e igual de eficaz para su uso en técnicas de biología molecular.

Ruminants possess a digestive system that allows them to convert fibrous material into highly nutritious food, thanks to the microbial communities present in the rumen. Microorganism identification can be achieved through DNA analysis. This study aimed to compare the efficiency of five DNA extraction methods from ruminal liquid. Ruminal fluid samples were collected from a fistulated Braford steer. DNA extraction was carried out in triplicate using the following methods: saline precipitation with sodium dodecyl sulfate, precipitation with potassium acetate, phenol-chloroform method, DNAzol reagent, and a commercial kit method. DNA yield, integrity, and purity were assessed using spectrophotometry and agarose gel electrophoresis. The integrity was confirmed by polymerase chain reaction amplification of DNA fragments. Spectrophotometric and electrophoretic analyses revealed that all methods generated DNA with integrity, except for the potassium acetate method. The 260/280 and 260/230 ratios indicated the presence of contaminants in all methods. DNA obtained through the DNAzol and commercial kit methods was amplifiable in 100% of the samples. The results suggest that the DNAzol method produces DNA with integrity and purity comparable to the commercial kit method, making it equally effective for molecular biology techniques.