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Abstract
The emergence of SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics to public health has attracted the attention of the scientific community and governments both regionally and globally since the end of 2020. The most relevant variants described so far include: Alpha (lineage B.1.1.7), first detected in the United Kingdom; Beta (lineage B.1.351), initially detected in South Africa; Gamma (lineage P.1), initially detected in Manaus, Brazil, and Japan; [ver mas...]
dc.contributor.authorTorres, Carolina
dc.contributor.authorMojsiejczuk, Laura
dc.contributor.authorAcuña, Dolores
dc.contributor.authorAlexay, Sofía
dc.contributor.authorAmadio, Ariel
dc.contributor.authorAulicino, Paula
dc.contributor.authorDebat, Humberto Julio
dc.contributor.authorFay, Fabián
dc.contributor.authorFernandez, Franco Daniel
dc.contributor.authorGiri, Adriana A.
dc.contributor.authorGoya, Stephanie
dc.contributor.authorKonig, Guido Alberto
dc.contributor.authorLucero, Horacio
dc.contributor.authorNabaes Jodar, Mercedes
dc.contributor.authorPianciola, Luis
dc.contributor.authorSfalcin, Javier A.
dc.contributor.authorAcevedo, Raúl M.
dc.contributor.authorBengoa Luoni, Sofía Ailin
dc.contributor.authorBolatti, Elisa M.
dc.contributor.authorBrusés, Bettina
dc.contributor.authorCacciabue, Marco Polo Domingo
dc.contributor.authorCasal, Pablo E.
dc.contributor.authorCerri, Agustina
dc.contributor.authorChouhy, Diego
dc.contributor.authorDus Santos, Maria Jose
dc.contributor.authorEberhardt, María Florencia
dc.contributor.authorFernandez, Ailen
dc.contributor.authorFernandez, Paula Del Carmen
dc.contributor.authorFernández Do Porto, Darío
dc.contributor.authorFormichelli, Laura
dc.contributor.authorGismondi, María Inés
dc.contributor.authorIrazoqui, Jose Matias
dc.contributor.authorLorenzini Campos, Melina
dc.contributor.authorLusso, Silvina
dc.contributor.authorMarquez, Nathalie
dc.contributor.authorMuñoz Hidalgo, Marianne Graziel
dc.contributor.authorMussin, Javier
dc.contributor.authorNatale, Mónica
dc.contributor.authorOria, Griselda
dc.contributor.authorPisano, María Belén
dc.contributor.authorPosner, Victoria
dc.contributor.authorPuebla, Andrea Fabiana
dc.contributor.authorViegas, Mariana
dc.date.accessioned2022-04-20T10:58:48Z
dc.date.available2022-04-20T10:58:48Z
dc.date.issued2021-12-10
dc.identifier.issn2296-858X (online)
dc.identifier.otherhttps://doi.org/10.3389/fmed.2021.755463
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.12123/11680
dc.identifier.urihttps://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2021.755463/full
dc.description.abstractThe emergence of SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics to public health has attracted the attention of the scientific community and governments both regionally and globally since the end of 2020. The most relevant variants described so far include: Alpha (lineage B.1.1.7), first detected in the United Kingdom; Beta (lineage B.1.351), initially detected in South Africa; Gamma (lineage P.1), initially detected in Manaus, Brazil, and Japan; Delta (lineage B.1.627.2), initially detected in India; Lambda (lineage C.37), initially detected in Peru; Mu (lineage B.1.621), first detected in Colombia; Epsilon (lineages B.1.427 and B.1.429), initially detected in California, United States; and Zeta (lineage P.2), first detected in Rio de Janeiro, Brazil (1). Four of these variants (Alpha to Delta) have been defined as variants of concern (VOCs) given their increased transmissibility and other characteristics, while Lambda and Mu have been defined as variants of interest (VOIs). The VOCs have also been associated with an increased risk of hospitalization (2, 3) and, in the case of Beta, Gamma, and Delta, with a moderate to a substantial reduction in neutralizing activity of monoclonal antibodies, convalescent, and vaccine sera (4–6). Gamma and Lambda are particularly relevant for Argentina due to their major presence in the South American region during the time of this study. Importantly, some of these variants share mutations in the Spike protein—several of them in the receptor-binding domain region—that potentially affect transmissibility, pathogenesis, and/or response to vaccination and immune-based therapies (7, 8). PAIS is the interinstitutional federal consortium of SARS-CoV-2 genomics in Argentina. It was created by the Ministry of Science and Technology to monitor SARS-CoV-2 diversity and evolution in the country, including surveillance of SARS-CoV-2 variants of public health interest (http://pais.qb.fcen.uba.ar/). The objective of this work was to implement a SARS-CoV-2 molecular surveillance strategy, in a context of limited resources, which allowed an assessment of the dynamic situation of circulation of viral variants, and at the same time, to perform genomic and evolutionary analyzes to study their origin and dispersion in our country.eng
dc.formatapplication/pdfes_AR
dc.language.isoenges_AR
dc.publisherFrontiers Mediaes_AR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesses_AR
dc.sourceFrontiers in Medicine 8 : 755463. (Published: 10 December 2021)es_AR
dc.subjectSevere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2eng
dc.subjectVariantseng
dc.subjectSouth Americaeng
dc.subjectSurveillance Systemseng
dc.subjectArgentinaes_AR
dc.subjectCOVID-19es_AR
dc.subjectCoronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2
dc.subjectVariantes
dc.subjectSistemas de Vigilancia
dc.subjectAmérica del Sur
dc.subject.otherSARS-CoV-2es_AR
dc.subject.otherSurveillanceeng
dc.subject.otherSpike Sequenceseng
dc.subject.otherGammaes_AR
dc.subject.otherLambdaes_AR
dc.subject.otherDeltaes_AR
dc.titleCost-Effective Method to Perform SARS-CoV-2 Variant Surveillance: Detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in Argentinaes_AR
dc.typeinfo:ar-repo/semantics/artículoes_AR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/articlees_AR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersiones_AR
dc.description.origenInstituto de Patología Vegetales_AR
dc.description.filFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Mojsiejczuk, Laura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Mojsiejczuk, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Alexay, Sofía. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Aulicino, Paula. Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Giri, Adriana A. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Sfalcin, Javier A. CIBIC Laboratorio; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Acevedo, Raúl M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Acevedo, Raúl M. Universidad Nacional del Nordeste-CONICET. Instituto de Botánica del Nordeste; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Bengoa Luoni, Sofía Ailin. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Bengoa Luoni, Sofia Ailin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.es_AR
dc.description.filFil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Bolatti, Elisa M. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Brusés, Bettina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.es_AR
dc.description.filFil: Casal, Pablo E. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Grupo Virología Humana; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Dus Santos, Maria Jose. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Eberhardt, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernandez, Ailen. Ministerio de Salud. Laboratorio Central Ciudad de Neuquén; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernandez, Paula Del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernandez, Paula Del Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.es_AR
dc.description.filFil: Fernández Do Porto, Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Fernández Do Porto, Darío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Formichelli, Laura. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Gismondi, María Inés. CIBIC Laboratorio; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Gismondi, María Inés. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Lorenzini Campos, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Lorenzini Campos, Melina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Lusso, Silvina. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología. Unidad de Genómica; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.es_AR
dc.description.filFil: Mussin, Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Mussin, Javier. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Natale, Mónica. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Oria, Griselda. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Pisano, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba(UNC). Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella”; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Posner, Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Posner, Victoria. Universidad Nacional de Rosario, Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Biotecnología. Unidad de Genómica; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina.es_AR
dc.description.filFil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentinaes_AR
dc.description.filFil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentinaes_AR
dc.subtypecientifico


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