Shallot virus X: a hardly known pathogen of the genus Allium

Abstract

Crops belonging to the genus Allium, family Amaryllidaceae, are economically important and are widely cultivated around the globe. Some of the most problematic diseases of these crops are caused by members of three virus genera, Potyvirus, Carlavirus and Allexivirus. Shallot virus X (ShVX) is an Allexivirus that was first discovered in Russia in the nineties and it has since been described worldwide. The virus, transmitted mechanically or by the dry bulb mite (Aceria tulipae), affects virtually all members of the genus Allium and it causes yield reductions on these crops. ShVX is a positive-sense single-stranded monopartite RNA virus that contains six open reading frames (ORFs). The virus is mainly detected by RT-PCR but there are other serological and molecular techniques available for diagnosis. There are no methods described for managing crops infected by ShVX in the field, but tissue culture of meristems can render virus-free plants. Research on the ShVX-Allium pathosystem is needed for a comprehensive understanding of the physiological and molecular mechanisms used by the virus to infect its hosts and for developing methods for the effective control of viral infections.

Los cultivos del género Allium, familia Amaryllidaceae, son económicamente importantes y ampliamente sembrados alrededor del mundo. Algunas de las enfermedades más problemáticas de estos cultivos son ocasionadas por virus de tres géneros, Potyvirus, Carlavirus y Allexivirus. Shallot virus X (ShVX) es un Allexivirus que fue descrito por primera vez en Rusia en la década de los noventa y desde entonces se ha descrito su presencia a nivel mundial. El virus, transmitido mecánicamente o por el eriófido de los bulbos (Aceria tulipae), afecta prácticamente a todos los miembros del género Allium ocasionando la disminución en la producción de estos cultivos. ShVX tiene un genoma monopartito representado por una cadena simple de ARN de polaridad positiva con seis marcos abiertos de lectura (ORFs). El virus se detecta principalmente por RT-PCR, pero existen otros métodos serológicos y moleculares disponibles para su diagnóstico. No existen métodos descritos para el manejo de plantas infectadas con ShVX en el campo, sin embargo se ha determinado que el cultivo de tejidos meristemáticos puede producir plantas libres de virus. Es necesario desarrollar investigaciones en el patosistema ShVX-Allium para lograr un entendimiento general sobre los mecanismos fisiológicos y moleculares que utiliza el virus para infectar a su hospedero y para desarrollar métodos para el control efectivo de las infecciones virales.