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Advancements in sunflower multiparental population phenotyping for Verticillium Wilt using UAV-based multispectral imagery
Dominguez, Matías; Colombo, Denis Nahuel; Dillchneider Loza, Alexandra; Lavandera, Javier Eduardo; Corro Molas, Andres Ezequiel; Troglia, Carolina Beatriz; Paniego, Norma Beatriz (International Sunflower Association, 2024-08)Here we present progress in phenotyping a sunflower Multiparent Advanced Generation Inter-Crosses (MAGIC) population for Verticillium wilt (VW), one of the most important sunflower diseases in Argentina. In addition, the ... -
Association mapping in sunflower for sclerotinia head rot resistance
Fusari, Corina Mariana; Di Rienzo, Julio A.; Troglia, Carolina Beatriz; Nishinakamasu, Veronica; Moreno, Maria Valeria; Maringolo, Carla Andrea; Quiroz, Facundo Jose; Alvarez, Daniel; Escande, Alberto; Hopp, Horacio Esteban; Heinz, Ruth Amelia; Lia, Veronica Viviana; Paniego, Norma Beatriz (BMC, 2012-06)Background: Sclerotinia Head Rot (SHR) is one of the most damaging diseases of sunflower in Europe, Argentina, and USA, causing average yield reductions of 10 to 20 %, but leading to total production loss under favorable ... -
ATGC transcriptomics : a web-based application to integrate, explore and analyze de novo transcriptomic data
Gonzalez, Sergio Alberto; Clavijo, Bernardo; Rivarola, Maximo Lisandro; Moreno, Patricio; Fernández, Paula; Dopazo, Joaquín; Paniego, Norma Beatriz (2017-02-22)Background: In the last years, applications based on massively parallelized RNA sequencing (RNA-seq) have become valuable approaches for studying non-model species, e.g., without a fully sequenced genome. RNA-seq is a ... -
Co-expression networks in sunflower : harnessing the power of multi-study transcriptomic public data to identify and categorize candidate genes for fungal resistance
Ribone, Andrés Ignacio; Fass, Monica Irinia; Gonzalez, Sergio Alberto; Lia, Veronica Viviana; Paniego, Norma Beatriz; Rivarola, Maximo Lisandro (MDPI, 2023-08)Fungal plant diseases are a major threat to food security worldwide. Current efforts to identify and list loci involved in different biological processes are more complicated than originally thought, even when complete ... -
Comparison of ddRADseq and EUChip60K SNP genotyping systems for population genetics and genomic selection in Eucalyptus dunnii (Maiden)
Aguirre, Natalia Cristina; Villalba, Pamela Victoria; Garcia, Martin Nahuel; Filippi, Carla Valeria; Rivas, Juan Gabriel; Martinez, Maria Carolina; Acuña, Cintia Vanesa; Lopez, Javier Augusto; Lopez, Juan Adolfo; Pathauer, Pablo Santiago; Palazzini, Dino; Harrand, Leonel; Oberschelp, Gustavo Pedro Javier; Marco, Martin Alberto; Cisneros, Esteban F.; Carreras, Rocío; Alves, Ana; Rodrigues, Jose; Hopp, Horacio Esteban; Grattapaglia, Dario; Cappa, Eduardo Pablo; Paniego, Norma Beatriz; Marcucci Poltri, Susana Noemi (Frontiers Media, 2024-03)Eucalyptus dunnii is one of the most important Eucalyptus species for short-fiber pulp production in regions where other species of the genus are affected by poor soil and climatic conditions. In this context, E. dunnii ... -
ddRADseq‑mediated detection of genetic variants in sugarcane
Molina, Catalina; Aguirre, Natalia Cristina; Vera, Pablo Alfredo; Filippi, Carla Valeria; Puebla, Andrea Fabiana; Marcucci Poltri, Susana Noemi; Paniego, Norma Beatriz; Acevedo, Alberto (Springer, 2022-11-11)Sugarcane (Saccharum sp.), a world-wide known feedstock for sugar production, bioethanol, and energy, has an extremely complex genome, being highly polyploid and aneuploid. A double-digestion restriction site-associated ... -
De novo assembly and characterization of leaf transcriptome for the development of functional molecular markers of the extremophile multipurpose tree species Prosopis alba
Torales, Susana Leonor; Rivarola, Maximo Lisandro; Pomponio, Maria Florencia; Gonzalez, Sergio Alberto; Acuña, Cintia Vanesa; Fernandez, Paula Del Carmen; Lopez Lauenstein, Diego; Verga, Anibal; Hopp, Horacio Esteban; Paniego, Norma Beatriz; Marcucci Poltri, Susana Noemi (2013-10)Background: Prosopis alba (Fabaceae) is an important native tree adapted to arid and semiarid regions of north-western Argentina which is of great value as multipurpose species. Despite its importance, the genomic resources ... -
De novo transcriptome sequencing and SSR markers development for Cedrela balansae C.DC., a native tree species of northwest Argentina
Torales, Susana Leonor; Rivarola, Maximo Lisandro; Gonzalez, Sergio Alberto; Inza, Maria Virginia; Pomponio, Maria Florencia; Fernandez, Paula Del Carmen; Acuña, Cintia Vanesa; Zelener, Noga; Fornes, Luis Fernando; Hopp, Horacio Esteban; Paniego, Norma Beatriz; Marcucci Poltri, Susana Noemi (Plos One, 2018-12)The endangered Cedrela balansae C.DC. (Meliaceae) is a high-value timber species with great potential for forest plantations that inhabits the tropical forests in Northwestern Argentina.Research on this species is scarce ... -
Desarrollo de poblaciones multiparentales como fuente de nuevos recursos genéticos para el mejoramiento de girasol
Dominguez, Matías (Facultad de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional de Rosario, 2022-12)El área de cultivo de girasol en Argentina, se extiende entre los 24 y 38 grados de latitud sur, abarcando una amplia gama de ambientes. La plasticidad del cultivo en su adaptación a diversas condiciones agroecológicas lo ... -
Desarrollo de poblaciones mutagenizadas en girasol
Fass, Monica Irinia; Conte, Mariana; Puebla, Andrea Fabiana; Nishinakamasu, Veronica; Ben Guerrero, Emiliano; Landau, Alejandra Mabel; Dominguez, Matías; Gonzalez, Sergio Alberto; Alvarez, Daniel; Lia, Verónica Viviana; Paniego, Norma Beatriz (Asociación Argentina de Girasol, 2024-05)Desde hace unos años el grupo de girasol del INTA ha incorporado poblaciones mutagenizadas como herramienta de suministro de nueva variabilidad y de aplicación de genética reversa y directa. Dada la importancia de contar ... -
Desarrollo de una metodología de extracción de conocimientos a partir de datos de micromatrices de DNA basada en ontologías genéticas
Taie, Armando (Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, 2008-12)Los experimentos de micromatrices de DNA permiten obtener información sobre la expresión conjunta de cientos o miles de genes, lo que ha producido un importante incremento en el volumen de datos disponibles en el área de ... -
Desarrollo de una población multiparental como fuente de nuevos recursos genéticos para el mejoramiento de girasol
Dominguez, Matías; Filippi, Carla Valeria; Montecchia, Juan Francisco; Fass, Monica Irina; Palifermo, F.N.; Quiroz, Facundo Jose; Alvarez, Daniel; Heinz, Ruth Amelia; Gonzalez, Julio Horacio; Paniego, Norma Beatriz (Asociación Argentina de Girasol (ASAGIR), 2019-07)En este trabajo se presentan avances del desarrollo de una población multi-parental (PMP) de tipo MAGIC (Multiple Advanced Generation Intercrosses) en el contexto del programa de mejoramiento de girasol de INTA para ... -
Development, characterization and experimental validation of a cultivated sunflower (Helianthus annuus L.) gene expression oligonucleotide microarray
Fernandez, Paula Del Carmen; Soria, Marcelo Abel; Blesa, David; Di Rienzo, Julio A.; Moschen, Sebastian Nicolas; Rivarola, Maximo Lisandro; Clavijo, Bernardo; Gonzalez, Sergio; Peluffo, Lucila; Principi, Dario; Dosio, Guillermo; Aguirrezabal, Luis; García-García, Francisco; Conesa, Ana; Hopp, Horacio Esteban; Dopazo, Joaquín; Heinz, Ruth Amelia; Paniego, Norma Beatriz (PLOS One, 2012-10)Oligonucleotide-based microarrays with accurate gene coverage represent a key strategy for transcriptional studies in orphan species such as sunflower, H. annuus L., which lacks full genome sequences. The goal of this study ... -
Diversidad genética en girasol cultivado: análisis de una colección de germoplasma local para su aplicación en programas de mejoramiento
Moreno, Maria Valeria (Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, 2010)Los bancos de semillas ofrecen una valiosa fuente de diversidad para el mejoramiento genético de los cultivos. Para un aprovechamiento óptimo de los recursos genéticos, la caracterización fenotípica de los materiales ... -
Diversidad genómica y mapeo por asociación para la resistencia a la podredumbre húmeda del capítulo causada por Sclerotinia sclerotiorum en girasol
Filippi, Carla Valeria (Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, 2015)Argentina tiene una larga tradición en el mejoramiento de girasol, siendo su germoplasma un recurso genético invaluable a nivel mundial. Nuestro país es el tercer exportador mundial de aceite crudo y segundo exportador de ... -
Estudio de la resistencia a Sclerotinia sclerotiorum en líneas endocriadas de girasol
Zubrzycki, Jeremias Enrique (Facultad de Farmacia y Bioquímica, Universidad de Buenos Aires, 2014)La podredumbre húmeda del capítulo (PHC), causada por Sclerotinia sclerotiorum, es una de las limitante más importantes para el cultivo del girasol. Este trabajo tuvo como objetivo identificar las regiones del genoma de ... -
Exploring gene networks in two sunflower lines with contrasting leaf senescence phenotype using a system biology approach
Moschen, Sebastian; Marino, Johanna; Nicosia, Salvador; Higgins, Janet; Alseekh, Saleh; Astigueta, Francisco; Bengoa Luoni, Sofia Ailin; Rivarola, Maximo Lisandro; Fernie, Alisdair R.; Blanchet, Nicolas; Langlade, Nicolas B.; Paniego, Norma Beatriz; Fernandez, Paula Del Carmen; Heinz, Ruth Amelia (BMC, 2019-10)Background: Leaf senescence is a complex process, controlled by multiple genetic and environmental variables. In sunflower, leaf senescence is triggered abruptly following anthesis thereby limiting the capacity of plants ... -
Exploring sunflower responses to Sclerotinia head rot at early stages of infection using RNA‑seq analysis
Fass, Monica Irina; Rivarola, Maximo Lisandro; Ehrenbolger, Guillermo Federico; Maringolo, Carla Andrea; Montecchia, Juan Francisco; Quiroz, Facundo Jose; García‑García, Francisco; Dopazo Blázquez, Joaquín; Hopp, Horacio Esteban; Heinz, Ruth Amelia; Paniego, Norma Beatriz; Lia, Veronica Viviana (Springer Nature, 2020-08)Sclerotinia head rot (SHR), caused by the necrotrophic fungus Sclerotinia sclerotiorum, is one of the most devastating sunflower crop diseases. Despite its worldwide occurrence, the genetic determinants of plant resistance ... -
First report of Diaporthe ambigua causing Phomopsis stem canker on sunflower in Argentina
Colombo, Denis Nahuel; Corro Molas, Andres Ezequiel; Paniego, Norma Beatriz; Comerio, Ricardo Mario (Wiley, 2023-07-25)Phomopsis stem canker, a disease emerging on sunflower (Helianthus annuus) in response to environmental change, has already been described in Argentina with Diaporthe helianthi as the main aetiological agent (Ridao et al., ... -
Genetic characterization of sunflower breeding resources from Argentina: assessing diversity in key open-pollinated and composite populations
Moreno, Maria Valeria; Nishinakamasu, Veronica; Loray, M.A.; Alvarez, Daniel; Gieco, Jorge Omar; Hopp, Horacio Esteban; Heinz, Ruth Amelia; Paniego, Norma Beatriz; Lia, Veronica Viviana (Cambridge University Press, 2013-03-25)Open-pollinated (OPs) and composite populations (CPs) represent a valuable resource for sunflower breeding programmes. However, little is known about the levels and distribution of genetic variation within each of these ...